钱伟长认为，在学科教学和业务教育中也应该贯穿爱国主义教育。“绝对不能把爱国主义教育和某一专门的业务教育分开来看，把它单纯地看作只是现阶段的一个政治任务。因此，只有我们把爱国主义经验贯彻到每一业务教学中去，才能达到提高业务的目的，才能很好地完成培育青年的任务。”这是钱伟长1951年时针对物理教学与爱国主义怎样结合的问题时提出的观点。然而，时至今日，无论在哪一门学科教学中，都仍然是与时俱进的。
    在人文社会科学学科教学方面，钱伟长曾专门请了有关法律、经济、管理等等方面的教师召开研讨会。他认为，“社会科学的问题都是国家第一线的问题”，“对社会科学我们用科学态度来认识它、使用它，使它为人类服务”。这种科学态度，既包括自然科学的态度，也包括社会科学的态度。随着时代的发展，原先的经济模式已经不适合国家的发展需要，必须要转变传统的思考方式。而在教学中，则必须开始要重视案例教学法，要求“经济、管理、法学等学科的教材应以案例教育为主，不能只是些空洞理论”，因为从理论到理论不解决实际问题，还需要“增加一些国际案例，百分之五六十国际案例，百分之四十国内案例，为开放服务”，从而使学生通过实践过程来获得认识，又通过实际事例来加深认识。他还以外贸中的倾销与反倾销为例来说明案例教学的重要性。他认为，现在的对外贸易就是打仗，是“为我们国家利益打仗”。因此，我们要用实际生活中发生的各种案例来“武装学生”，“要教会学生有科学处理问题的头脑和方法，这是最关键的”。在这个基础上在逐步学会进步与发展，才能促进国家的科学进步。他始终认为，我们要培养专家，但“不能忘了专家还有许多社会责任”，要做专门家，首先得做“一个全面发展的人，一个有道德有修养能负责的公民”。
    在自然科学学科教学方面，以物理教学为例。钱伟长认为，在物理教材中，“有很大一部分是非爱国主义的，是带有中立色彩的，甚至于是爱了别人的国家的”。他详细举例说明了自己的观点。如发明权问题、度量衡制度以及反映资本主义国家生活的教材图文等等。他认为，近代中国因为受着帝国主义、资本主义国家的侵略而沦为半殖民地，很多半殖民地性质的思想内容无疑会在物理教材中有所反映。因而物理学不是纯粹的科学，并不超然于政治之外的，“我们所奉为圭臬传授给学生的教材，就是有政治性的、半殖民地性的”。因此，如果“能把    这些教材检查出来，予以删除，或予以改正，代之以爱国主义的教材，便不难把物理学的教学水平大大地提高一步”。
钱伟长同时指出，结合爱国主义教育在删去非爱国主义的教材内容之后，还要采取对应的积极措施。首先要从教学的过程中加强青年的民族自尊心，要“尽量地、恰当地介绍我国伟大祖先们在物理学上的发明和发现，是青年们肯定地认识到我们中华民族和世界上其它任何民族一样，有着优秀的和高贵的品质”。为此，教学工作者要不断地发掘中国古代物理学的发明和发现，把这些事实正确地编入教材。当然，在结合爱国主义教育要注意一些事项，如既要认识到祖先的发明创造是值得后人骄傲的，又绝不要自满，因为还必须认识到，“由于封建社会制度的关系，在反动统治下，祖先们对于自然现象的认识仅止于现象的观测，二不可能发展称为系统的科学”。在教学过程中还应该把我国的物理学工作者在近代物理学上的贡献介绍给青年们。例如，叶企孙所测定的普朗克常数；钱学森在高速空气动力学方面的研究；萨本栋在电信网路分析方面的贡献；吴有训在X射线的康普顿效应方面的重要贡献等等。总之，目的就是在物理学教学里用事实来说明真实性，“说明我们伟大的中华民族，和其它民族一样有着优秀的品质”，以此来培养青年人的民族自尊心。
    其次，爱国主义教育应当紧密联系生活。钱伟长认为，物理学的题材是和人类生活中的物理现象，与人们的生活息息相关，它是“紧紧地和我们人民的生活、我们祖先的劳动奋斗、我们民族的繁衍生息结合着的”，因而物理学是最容易培养学生从了解生活和热爱生活中产生热爱祖国的自发情绪的一门学科。例如，关于“流速”问题可以引用黄河的水流数字，使青年了解关于黄灾的具体问题；关于温度，可以讲今日的温度、本地的最高最低温度和全国各地温度的变化等等。可以用具体事例中使物理教学和青年的生活结合起来，和青年们所生活的环境结合起来。从这些具体的结合里让青年对生活和环境有具体深刻的认识，从而产生热爱祖国的情绪。
    此外，爱国主义教育应该指出祖国建设的伟大前程。从物理学教程中让青年了解祖国的伟大前程，巩固和发展青年参加伟大祖国建设的信心和积极性。